中山大学附属肿瘤医院黄埔院区位于中新广州知识城南起步区核心区域，院区西南角即为广州地铁何棠下站D出口，可与市中心、火车站、机场快速往来，方便全国各地患者前来就医。院区建筑面积10.4万平方米，开放床位600余张，设有16间手术室。
中山大学附属肿瘤医院黄埔院区采取延伸式管理、同质化服务、差异化发展策略。设置的专科为头颈科、胸科、肝脏外科、胰胆外科、结直肠科、胃外科、内科、放疗科、鼻咽科、血液肿瘤科、骨与软组织科、微创介入科等科室。设置了包含10项专科护理服务的“护理专科门诊”诊区，构建院外家庭护理管理延伸以及“医护患”三者有机联动的现代医疗体系。
同时，黄埔院区还将与临近的医疗机构合作开展质子治疗业务，填补华南地区该项医疗业务的空白，更好地满足肿瘤患者的治疗需求。